В суровые годы блокады, как и весь город, Ботанический сад был лишен водоснабжения, электричества и отопления. Крупная авиабомба, сброшенная с фашистского самолета 15 ноября 1941 г., разрушила 3 большие оранжереи, а в других оранжереях были разбиты стекла. Коллекции растений понесли огромные потери, однако ценой неимоверных усилий, а иногда ценой жизни сотрудников, удалось спасти некоторые теплолюбивые экзоты. «Растения – ветераны» символически обозначены Ленточками Ленинградской Победы. Сотрудники Сада помогали городу: выращивали рассаду и заготавливали лекарственные растения, всю войну в Ботаническом саду работала выставка съедобных и ядовитых растений.